选项D正确。

①允许扣除项目合计金额=2000×（1+6×5%）+66.8（与转让综合楼有关的税金）=2666.8（万元）。

②增值额=3200-2666.8=533.2（万元）。

③增值率=533.2÷2666.8×100%=19.99%，适用税率30%、速算扣除系数0。

甲厂当月应缴纳土地增值税＝增值额×适用税率－扣除项目金额×速算扣除系数=533.2×30%-2666.8×0=159.96（万元）。

【通关笔记】

①纳税人转让旧房及建筑物，不能取得评估价格，但能提供购房发票的，扣除项目包括：

a.取得土地使用权所支付的金额、旧房及建筑物的评估价格，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算扣除。计算扣除项目时“每年”是指按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。

b.对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。

②土地增值税四级超率累进税率表